Viêm đại tràng và Hội chứng ruột kích thích có những biểu hiện lâm sàng tương đối giống nhau. Tuy nhiên để phân biệt chính xác là Viêm đại tràng mạn tính hay Hội chứng ruột kích thích thì cần căn cứ thêm các yếu tố khác nhau trên lâm sàng giữa hai bệnh và nội soi đại tràng.
Các điểm khác nhau giữa viêm đại tràng và Hội chứng ruột kích thích như sau: Viêm đại tràng: đau bụng ít, trướng bụng vừa, phân có thể lẫn máu, khuôn phân ít thay đổi, ít mất ngủ, ít lo lắng. Nội soi có viêm, loét, xung huyết.
Hội chứng ruột kích thích: Đau bụng nhiều, trướng bụng, đầy hơi, khó trung tiện, phân không có máu, khuôn phân thường là dẹt, mất ngủ lo lắng thường xuyên, nội soi đại tràng bình thường.
